JDBI není příliš vhodné pro vytváření dynamických dotazů. IMO celý smysl této knihovny je co nejvíce oddělit kód a SQL dotazy.
Váš konkrétní případ však může být vyřešen pomocí SQL:
COALESCE(:foo, foo)
pokud je 'foo' název sloupce v tabulce a :foo se vyhodnotí na NULL, pak bude mysql SET efektivně
SET foo=foo
tj. neudělá nic (což je ve vašem případě žádoucí chování). Pokud :foo není null, bude ekvivalentní
SET foo=:foo