MySQL spojuje pouze vybrané řádky

Můžete to udělat

SELECT SUM(netto)
FROM   invoices
       LEFT JOIN invoices_elements
         ON invoices_elements_code_invoices_id = invoices_id
            AND invoices_elements_enable = 1
WHERE  invoices_enable = 1
GROUP  BY invoices_elements_code_invoices_id  

Všimněte si omezení invoices_elements_enable = 1 je v ON klauzule, aby se zabránilo převedení dotazu na inner join .