Zní to, jako byste pravděpodobně chtěli, aby jedna z databází fungovala jako slave vůči druhé, takže veškeré aktualizace na masteru budou automaticky šířeny do slave. Dokumentace MySQL má o tom dost podrobností.
Pokud byste chtěli mít možnost provádět aktualizace jedné databáze a nechat je replikovat do druhé, myslím, že je také možné nakonfigurovat MySQL tak, aby používala replikaci s více mastery.