JAK provést spojení v MySQL, kde klíč je podřetězec klíče2?

Pokud je refs.isbn substr pdfrefs.isbn, můžete použít jednoduchý like pro join

SELECT
    dfrefs.title,
    pdfrefs.isbn,
    REGEXP_SUBSTR(refs.isbn,pdfrefs.isbn),
    refs.url,
    refs.isbn,
    pdfrefs.link_to_pdf
FROM refs
JOIN pdfrefs ON  pdfrefs.isbn like concat('%',refs.isbn, '%');