Nakonec jsem použil fputcsv, abych vložil data, která jsem změnil, do nového souboru CSV, pak jsem pomocí příkazu LOAD DATA INFILE vložil data z nového souboru csv do tabulky. Tím se změnilo z vypršení časového limitu 120 sekund pro 1000 záznamů na asi 10 sekund pro provedení 10 000 záznamů. Děkuji všem, kteří odpověděli.