Neobjevujte znovu kolo. To, co potřebujete, již existuje téměř připraveno:
<?php
$result = exec("/path/to/mysqldump -u$username -p$password your_database your_table > /desired/output/path/dump.sql");
Možná budete chtít zkontrolovat obsah $result
poté, abyste se ujistili, že vše proběhlo hladce.