Manuál MySQL uvádí, že zde není žádné omezení počtu databází:maximální počet databází v MySQL
Protože však každá databáze vyžaduje vytvoření jednoho adresáře v systému souborů a systém souborů může mít omezený počet adresářů v jedné složce, existuje efektivní limit.
V dokumentaci k systému souborů zkontrolujte maximální počet adresářů, které povoluje (NTFS ~ 4 miliardy, ext3 ~32000, ext4 ~unlimited atd.)