Mám stejný problém, ale po letech!
Můj server nainstaloval v gac verzi MySql Connector 6.4.6, ale pracuji s verzí 6.8.3, dostával jsem chybu „nelze přenést“. Opravil jsem to přidáním následující sekce do souboru .config
<system.data>
<DbProviderFactories>
<!-- Removes the dll installed in gac-->
<remove invariant="MySql.Data.MySqlClient" />
<!-- Add the dll copied in the bin folder-->
<add name="MySQL" description="ADO.Net driver for MySQL" invariant="MySql.Data.MySqlClient" type="MySql.Data.MySqlClient.MySqlClientFactory, MySql.Data"/>
</DbProviderFactories>
</system.data>