Jaký je tedy nejlepší způsob, jak zkontrolovat, zda řádek existuje? EXISTS, COUNT nebo num_rows?

Možnost 3 je nejrychlejší způsob, jak zkontrolovat, zda existuje řádek, pokud používáte MySQL:

$query = mysql_query("SELECT EXISTS(SELECT 1 FROM users WHERE id = 1)")

if (mysql_result($query, 0) == 1)
    // one user, like it should be.

else 
  // do something else