Problém nebyl v tom, že by tabulka byla poškozená. Když vytvoříte skupinu, mysql vytvoří dočasnou tabulku. Protože je tabulka tak velká, dočasná tabulka zabírá více než 10 GB místa na disku. Chybová zpráva se zobrazí, když je disk 100% plný.
Použil jsem commando ke kontrole místa na disku:
df -h /dev/root
Takže v konfiguraci MySQL (my.ini) jsem změnil umístění (tmpdir), kde jsou dočasné tabulky uloženy, na oddíl s dostatkem volného místa na disku.
nyní dotaz běží úspěšně