Many To Many Table Join with Pivot

Musíte zadat DISTINCT , tj.

select users.name, group_concat( DISTINCT programs.name)

Podívejte se na dokumenty MySQL zde .

Zkuste změnit svůj dotaz na:

SELECT users.name, group_concat(programs.name) 
from users
LEFT JOIN linker on linker.user_id = users.id
LEFT JOIN programs on linker.program_id = programs.id
GROUP BY users.id

Tím získáte null pro každého uživatele, k němuž nejsou přidruženy žádné programy. Chcete-li je odfiltrovat, stačí přidat WHERE programs.id IS NOT NULL .