Na 1GB serveru nemějte velikost innodb_buffer_pool_size větší než asi 200 milionů. Nastavení na 800M způsobí prohození. MySQL očekává, že jeho mezipaměti zůstanou v RAM; když se vymění na disk, výkon strašně trpí.
Váš stůl je pravděpodobně příliš velký na to, aby byl celý uložen do mezipaměti. Takže "skenování tabulky" vyfoukne mezipaměť, čímž se mezipaměť stane nepoužitelnou a dotaz poběží rychlostí disku. Buď najděte způsob, jak se podobným dotazům vyhnout, nebo získejte více paměti RAM.