Dávám přednost vkládání každého většího dotazu do jednoho souboru. Tímto způsobem můžete mít zvýraznění syntaxe a je snadné jej načíst při spuštění serveru. Abych to strukturoval, obvykle mám jednu složku pro všechny dotazy a uvnitř této složky pro každý model.
# queries/mymodel/select.mymodel.sql
SELECT * FROM mymodel;
// in mymodel.js
const fs = require('fs');
const queries = {
select: fs.readFileSync(__dirname + '/queries/mymodel/select.mymodel.sql', 'utf8')
};