Měl jsem stejný problém, i když jsem nezaznamenal žádné chyby nebo problémy, dostal jsem tato varování. Vypadali neškodně.
Používám MariaDB Ver 15.1 Distrib 10.3.22-MariaDB, pro debian a váš příkaz problém dokonale vyřešil:
mysql_upgrade -u root -h localhost -p --verbose --force