V PHP existuje funkce s názvem nl2br
echo nl2br("hello\nWorld");
a výsledkem je
hello<br/>World
V sql je funkce s názvem REPLACE
UPDATE yourtable SET field=REPLACE(REPLACE(field, CHAR(13), ''), CHAR(10), '')
A konečně v javaScriptu máte replace
taky
myString = myString.replace(/\r?\n/g, "");
Hodně štěstí