Bohužel nevím o žádném způsobu, jak zakázat protokolování MySQL pro jednotlivé příkazy. Dokumentace MySQL doporučuje uchovávat protokoly zabezpečené z tohoto důvodu:
Z 5.2.3. Obecný protokol dotazů
Bohužel toto (od 5.6.3) vestavěné protokolování anti-hesel funguje pouze pro funkci MySQL PASSWORD().
Vidím několik možných řešení vašeho problému:
- Pro každý dotaz:deaktivujte protokol, spusťte dotaz, povolte protokol
- Hašujte heslo v samotné aplikaci (ve vašem případě php sha)
- Zabezpečte soubory protokolu, aby je nikdo neviděl
- Přihlaste se k aplikaci, která sama odstraní hesla