Problém byl z mysql pomocí /var/tmp jako tmpdir, který není dostatečně velký, aby zkopíroval tabulku a vytvořil potřebné indexy. Opravil jsem to změnou umístění tmpdir na místo, které obsahuje více místa.
nejprve jsem vytvořil adresář /home/mysql/tmp
mkdir /home/mysql/tmp
pak jsem změnil vlastníka tohoto adresáře na mysql:mysql
chown mysql:mysql /home/mysql/tmp
pak jsem zastavil mysql server
service mysql stop
poté jej znovu spusťte následujícím příkazem:
service mysql start --tmpdir=/home/mysql/tmp