Zabraňte přepsání pole a místo toho vytvořte nový index pole

Data v poli se přepisují, protože měníte přiřazení hodnoty $key pokaždé, když na něj narazíte.

Co chcete udělat, je vytvořit sekundární pole jako $key hodnotu a vložte uzly do tohoto pole, takže skončíte s očekávaným výsledkem.

[
    'NM1' => ['...', '...'],
    'PR1' => ['...', '...']
]

Kód by byl,

while (($row = fgetcsv($handle, 1000, ";", "\"", "\n")) !== FALSE) {
    $key = array_shift($row);
    // Notice the extra []
    $data[$key][] = $row;
}

Každý klíč bude nyní obsahovat pole s uzlem pro každý nalezený řádek.