Nedostatek paměti při provádění velkého dotazu?

Za předpokladu, že používáte ovladač MySQL Connector/J poskytovaný MySQL, věřím, že řešení najdete v tuto manuálovou stránku (všimněte si parametru 1 Connection::createStatement() ):

stmt = conn.createStatement(java.sql.ResultSet.TYPE_FORWARD_ONLY,
              java.sql.ResultSet.CONCUR_READ_ONLY);
stmt.setFetchSize(Integer.MIN_VALUE);