mysqlimport cmdline-tool má podporu pro import souborů csv a IIRC podporuje mapování různých sloupců v csv do různých sloupců ve vaší tabulce.
http://linux.die.net/man/1/mysqlimport
Uvědomuji si, že je to jen obal cmd-line k příkazu LOAD DATA INFILE SQL, který lze použít místo toho.
Pokud potřebujete znovu uspořádat data, můžete jednoduše importovat csv flat do ekvivalentní tabulky a odtud vložit ... vybrat z