Nejste si jisti mySQL, ale v MSSQL můžete změnit řazení v dotazu, takže například pokud máte 2 tabulky s různým řazením a chcete je připojit, nebo jako ve vaší situaci můžete udělat UNION
select column1 from tableWithProperCollation
union all
select column1 COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS from tableWithDifferentCollation
SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS je samozřejmě pouze příkladem řazení, na které chcete "převést"