Cokoli se stane s vašimi postavami, stane se, než se dostanou do MySQL, myslím. Znaky jsou počítačem převedeny na čísla, když je zadáváme. Poté tato čísla putují odsud tam, mezi webovými formuláři a servery, webovými servery a interprety skriptů, pak databázovými servery a zpět na webové stránky stejným způsobem.
Kde a jak zadáváte své údaje? Data by měla opustit tak, jak byla zadána. Pokud jsou vaše údaje poskytovány prostřednictvím webových formulářů, zkontrolujte kódování webových stránek a způsob odesílání formulářů. Jak je dostanete do svých PHP skriptů a jak je pošlete na databázový server. Vina zde pravděpodobně není MySQL, ale jiné místo. Může to být i MySQL; ale není to jediné místo možného špatného chování a pravděpodobně ani není.
Zkontrolujte své stránky, zkontrolujte záhlaví, jakmile dorazí do vašeho prohlížeče.
Pokud jde o komentáře, které jste obdrželi na vaši otázku, ne, není dobré používat ISO5, protože potřebujete více rodin ISO5. Musíte použít kódování Unicode, po většinu času je nejlepší utf-8. Také zde nejde o to, kterou knihovnu MySQL používáte, pokud tato knihovna nemá nějaké známé chyby, což je u něčeho tak starého velmi nepravděpodobné. :) Stále byste měli používat vše, co je doporučeno jako osvědčené postupy; ale váš aktuální problém nesouvisí s knihovnou, kterou používáte. Zlo je v rozdílu mezi tím, jak svá data zadáváte a jak je prohlížíte.