Oracle má limit 1000, na který jsem se už dříve trefil. Zdá se, že MySQL to nevadí. Nejlepším řešením je nepoužívat klauzuli IN pro tak velkou datovou sadu. Odkud pocházejí id? Pokud ze stejné DB, tak se podívejte, jestli nemůžete místo toho použít poddotaz, který hledá na základě jednoho parametru, např. userid k nalezení propojených ID. To bude mnohem efektivnější, protože MySQL se může interně připojit pomocí indexů.