Toto je z paměti a není testováno. Protože jste neřekli, v čem byla chyba, usuzuji, že jsem udělal něco podobného dříve s Mysql. Pokud chyba říká, že nemůžete aktualizovat a vybrat ze stejné tabulky, musíte k výběru přidat alias. Pokud ne, myslím, že byste měli použít IN, nikoli připojení.
Netestováno, ale mělo by fungovat
UPDATE `customers`
SET `customers.working` = 'DUPL'
WHERE customers.ordernumber IN (SELECT t1.`ordernumber`
FROM (SELECT ordernumber
FROM `customers`
GROUP BY `ordernumber`
HAVING Count(`ordernumber`) > 1) AS t1);
Na mobilu tak snad naformátováno ok a závorky ve správném pořadí atd :)