Efektivnější dotaz než NOT IN (vnořený výběr)

Upgradujte na MySQL 5.6, která lépe optimalizuje semi-joins proti poddotazům.

Viz http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.6/en/subquery-optimization.html

Nebo použijte spojení vyloučení:

SELECT COUNT(t1.table1_id) FROM table1 t1 
LEFT OUTER JOIN table2 t2 USING (table1_id)
WHERE t2.table1_id IS NULL

Také se ujistěte, že table2.table1_id má na sobě index.