Proč používat podvýběr? INSERT INTO ... SELECT existuje:
INSERT INTO crawlLog (companyId, timeStartCrawling)
SELECT companies.id, NOW()
FROM companies
LEFT OUTER JOIN crawlLog
ON companies.id = crawlLog.companyId
WHERE crawlLog.companyId IS NULL
LIMIT 1
A tak by si neměl stěžovat na použití tabulky v části INSERT i SELECT