K tomu pravděpodobně dochází, protože jste po upgradu znovu nenainstalovali nástroje příkazového řádku.
Obvykle by měl být XCode upgradován na nejnovější verzi (4.4) (věřím, že když jsem aktualizoval na 10.8, aktualizoval jsem také spoustu dalších aplikací, včetně XCode). Po aktualizaci je třeba znovu nainstalovat nástroje příkazového řádku. To lze nyní provést pomocí nastavení v XCode:
Přejděte na "Předvolby -> Stahování" a nainstalujte "Nástroje příkazového řádku".
Nyní byste již neměli mít žádné problémy při instalaci balíčků, které je třeba zkompilovat.