Flyway vždy funguje v rámci databáze použité v připojovacím řetězci jdbc.
Po připojení se všechny skripty spouštějí v rámci transakce. Protože CREATE DATABASE není v rámci transakcí podporována, nebudete moci dosáhnout toho, co chcete.
Co však můžete udělat, je vytvořit místo toho schéma. Flyway to dokonce udělá za vás, pokud jej namíříte na neexistující.