Špatně si vykládáte, co váš prohlížeč zobrazuje. Pamatujte, že JSON je v podstatě prostý text, ale váš prohlížeč se jej snaží zobrazit jako HTML. \n znaky NEJSOU respektovány zobrazeními v režimu HTML a zalomí text na první vhodný znak mezery. JSON dokáže perfektně zachovat \n znaky uvnitř jeho řetězců bez problémů.
S největší pravděpodobností váš <br> chyba pochází z <br> vložení, které provádíte ve svém preg_replace volání, protože NEJSOU ŽÁDNÉ <br> tagy v původním JSON. Jinými slovy, chybu, kterou se snažíte opravit, způsobujete tím, že se pokoušíte opravit chybu, která by neexistovala, kdybyste se ji nepokoušeli opravit.