Sakra, vlastně jsem na to přišel sám. Stačilo odstranit spojení v definici metody:
def self.from_users_followed_by(user)
followed_user_ids = user.followed_user_ids
where("user_id IN (?) OR user_id = ?", followed_user_ids, user)
end
user.followed_user_ids.join(', ')
vytvoří toto:"1, 2, 3"
zatímco
user.followed_user_ids
vytváří toto:1, 2, 3
což jsem chtěl.