Nakonec jsem našel odpověď s pomocí mého kolegy. Zdá se, že liquibase takové typy nezná, takže musíme ručně upravit dotaz SQL:
<createTable tableName="t_name">
...
<column name="doubleArray" type="DOUBLE_ARRAY"/>
...
</createTable>
<modifySql dbms="postgresql">
<replace replace="DOUBLE_ARRAY" with="double precision[][]"/>
</modifySql>