Jediný způsob, jak by se to mohlo stát, je, že MariaDB měla chybu, protože jakmile Tx upraví záznam, uzamkne jej, dokud se nepodaří potvrdit nebo vrátit zpět. Jiné Tx by blokovaly UPDATE kvůli uzamčení, ale podmínka musí být přehodnocena po uvolnění zámku.
Zkuste přepnout na READ_COMMITTED a zjistěte, zda to problém vyřeší. Může to být anomálie REPEATABLE_READ.