Buď předzpracujte soubor CSV, nebo (co bych asi udělal já) importujte do dočasné kopie cílové tabulky a INSERT
pouze vybrané sloupce ve druhém kroku:
CREATE TEMP TABLE tmp AS SELECT * FROM target_table LIMIT 0;
ALTER TABLE tmp ADD COLUMN etra_column1 text
, ADD COLUMN etra_column2 text; -- add excess columns
COPY tmp FROM '/path/tp/file.csv';
INSERT INTO target_table (col1, col2, col3)
SELECT col1, col2, col3 FROM tmp -- only reelvant columns
WHERE ... -- optional, to also filter rows
Dočasná tabulka je na konci relace automaticky zrušena. Pokud zpracování trvá déle, použijte běžnou tabulku.