Dostal jsem nápad z SQLAlchemy func.count na booleovském sloupci
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Pokud máte nejnovější verzi SQLAlchemy, můžete použít
.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
který je čistší než ten starý.