To je obvykle způsobeno duplikáty v dotazu uvedeném v klauzuli USING. To pravděpodobně znamená, že TABLE_A je nadřazená tabulka a stejný ROWID je vrácen několikrát.
Problém můžete rychle vyřešit použitím DISTINCT ve svém dotazu (ve skutečnosti, pokud je 'Y' konstantní hodnotou, nemusíte ji ani vkládat do dotazu).
Za předpokladu, že je váš dotaz správný (neznáte své tabulky), můžete udělat něco takového:
MERGE INTO table_1 a
USING
(SELECT distinct ta.ROWID row_id
FROM table_1 a ,table_2 b ,table_3 c
WHERE a.mbr = c.mbr
AND b.head = c.head
AND b.type_of_action <> '6') src
ON ( a.ROWID = src.row_id )
WHEN MATCHED THEN UPDATE SET in_correct = 'Y';