Myslím, že se tomuto problému můžete vyhnout nahrazením prázdného textu dočasnou hodnotou, aktualizací veškerého ostatního textu a následným nahrazením dočasné hodnoty hodnotou null.
Nerozumím XPath, pravděpodobně existuje mnohem lepší způsob, jak to udělat, ale zdá se, že to funguje:
SELECT
--#3: Replace the temporary value with null, this keeps the start and end tag
UpdateXML(
--#2: Replace everything but the temporary value
UpdateXML(
--#1: Replace empty text with a temporary value
UpdateXML(xmlData, '/TEST/VALUE[not(text())]', '<VALUE>TEMPORARY VALUE</VALUE>')
,'/TEST/VALUE[text()!="TEMPORARY VALUE"]/text()', 'hello')
,'/TEST/VALUE[text()="TEMPORARY VALUE"]/text()', null) examle
FROM (SELECT XMLType('<TEST><VALUE>hi</VALUE><VALUE>hola</VALUE><VALUE></VALUE></TEST>') as xmlData FROM DUAL);