Toto nemůžete načíst jako řetězec (varchar), kvůli omezení délky varchar (4000 bajtů). Vyberte jej jako CLOB:
String query = "SELECT TBL.XMLTYPECOLUMN.GETCLOBVAL() FROM TABLE TBL";
rs = stmt.executeQuery(query);
xmlClob = (Clob) rs.getClob(1);
http://kodehelp.com/how- to-read-xmltype-column-from-database-using-jdbc/