Můžete použít $where. Jen si uvědomte, že to bude poměrně pomalé (musí spustit kód Javascript na každém záznamu), takže pokud můžete, kombinujte s indexovanými dotazy.
db.T.find( { $where: function() { return this.Grade1 > this.Grade2 } } );
nebo kompaktnější:
db.T.find( { $where : "this.Grade1 > this.Grade2" } );
UPD pro mongodb v.3.6+
můžete použít $expr
jak je popsáno v nedávné odpovědi