Existuje nějaká možnost, jak omezit využití paměti mongodb?

Pokud používáte MongoDB 3.2 nebo novější verzi, můžete omezit wiredTiger mezipaměť jak je uvedeno výše.

V /etc/mongod.conf přidejte wiredTiger část

...
# Where and how to store data.
storage:
  dbPath: /var/lib/mongodb
  journal:
    enabled: true
  wiredTiger:
    engineConfig:
        cacheSizeGB: 1
...

Tím se omezí velikost mezipaměti na 1 GB , více informací v Doc

Tím jsem problém vyřešil spuštěním ubuntu 16.04 a mongoDB 3.2

PS:Po změně konfigurace restartujte démona mongo.

$ sudo service mongod restart

# check the status
$ sudo service mongod status