Jste tak blízko! Pamatujte, že váš nejvzdálenější „obsah“ je pole samotné. Takže následující změna 2 znaků funguje, použijte content.$.assets uvnitř hodnoty $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Přiblížit.