Můžete zkusit:https://github.com/vmalloc/mongomock, jehož cílem je být malou knihovnou pro zesměšňování objektů sbírky pymongo pro účely testování.
Nejsem si však jistý, že náklady na pouhý provoz mongodb by byly neúnosné ve srovnání se zajištěním kompletní funkce nějaké zesměšňující knihovny.