Určitě musíte použít MongoId objekt, např.
$item = $collection->findOne(array(
'_id' => new MongoId('4e49fd8269fd873c0a000000')));
Poznámky na stránce Dotazování jsou trochu tupé, ale zmiňují...
Pokud uživatel neurčil jinak, pole _id je MongoId. Nejčastější chybou je pokus použít řetězec pro shodu s MongoId. Mějte na paměti, že se jedná o dva různé datové typy a nebudou se navzájem shodovat stejným způsobem, že řetězec "array()" není stejný jako prázdné pole