S tímto problémem jsem se také setkal. A bylo to způsobeno aktualizací mongodb bez vypnutí mongo serveru.
Nyní, když již máte novou verzi mongodb (podle verze mongo shell). Můžete to vyřešit pouhým restartováním mongod proces.
Spuštění a zastavení procesu mongo viz https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes