Možná byste měli ve svém aktualizačním dotazu použít "$set" takto:
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Více informací v dokumentaci
UPRAVIT
Pokud to nefunguje, je to pravděpodobně proto, že neexistuje žádná shoda s vaším filtrem.
Možná byste se měli pokusit porovnat s ObjectId takto:
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Doufám, že to pomůže.