Builders
je opravdu flexibilní třída, má také přepsané operátory "& =AND" a "| =NEBO"
Váš příklad bude
var filter = Builders<User>.Filter.Eq(x => x.A, "1");
filter &= (Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "4") | Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "5"));