Měl jsem stejný problém. _id v mé kolekci DB byl String . Poté, co jsem povolil ladění mongoose require('mongoose').set('debug', true) , zjistil jsem, že mongoose dotaz id jako ObjectId("yourId") pokud nedefinujeme _id ve schématu. Abych problém vyřešil, musel jsem přidat _id:String do schématu mongoose.
const MyDataSchema = new Schema({
_id: String,
...
...
}