Nejste daleko od řešení:
Agregační funkce trvá:.aggregate(List<DBObject>)
Ale JSON.parse, který chcete použít, vám umožňuje přetypovat do něj, pokud máte v dotazu seznam, takže žádný problém
String query="[....}";
List<DBObject> q= (List<DBObject>)JSON.parse(query);
Iterable<DBObject> result=new MongoClient().getDatabase("db").getCollection("coll").aggregate(q).results();`
Výsledky lze poté opakovat.