Jak správně zacházet s dotazy na stránkování pomocí mongodb a php?

Protože výsledek find()->limit()->skip() je Mongo_Cursor, nemusíte skutečný dotaz provádět dvakrát.

Mělo by fungovat také následující:

$skip = (int)($docs_per_page * ($page - 1));
$limit = $docs_per_page;

$query = array("loc" => array('$near' => array('lat' => $latitude, 'lon' => $longitute) ),
    "tags" => $tag, "seeking" => $this->session->userdata('gender'),
    "gender" => $this->session->userdata('seeking'));

$fields = array("username", "zipcode", "tags", "birth_date");
$cursor = $collection->find($query, $fields)->limit($limit)->skip($skip);
$total_documents = $cursor->count();
$data['result'] = $cursor;

btw nejprve jsem si špatně přečetl vaši otázku, myslel jsem, že nevíte o limit &skip.