To v současné době není možné s indexem TTL. Mongod odstraní celý dokument po zadaném počtu sekund nebo v určitý čas.
Doporučil bych vám uložit dílčí dokument relace do samostatné kolekce a přidat do této kolekce index TTL.
Pokud schéma nemůžete změnit, alternativou je vytvořit úlohu na pozadí, která každých 60 sekund odstraní vnořené dokumenty z vaší kolekce.