Z hlediska výkonu bude rozdíl přinejlepším malý. Vzhledem k tomu, že vaše e-mailové adresy jsou jedinečné, žádný složený index, který obsahuje pole e-mailu, nebude nikdy užitečnější než samotný index e-mailové adresy. Důvodem je to, že pole vašeho e-mailu již má maximální kardinalitu pro vaši sbírku a jakákoli další pole indexu nepomohou databázi rychleji filtrovat záznamy, protože vždy dorazí na správné dokumenty pouze s polem e-mailu.
Pokud jde o využití paměti (což je velmi důležité pro databáze jako MongoDB), samotný index e-mailů je také mnohem menší.
TL;DR :Použijte index pouze pro e-mailovou adresu.